Фильм начинается с того, что юный Питер Паркер обнаруживает, что кабинет его отца Ричарда Паркера ограблен. Ричард и Мэри Паркер, мать Питера, встревожены ограблением и собирают по дому различные спрятанные документы. Они отводят сына в дом его тети Мэй и дяди Бена и оставляют Питера с ними. Родители Питера уезжают, и позже Питеру сообщают, что они погибли, оставив его сиротой. Спустя годы подросток Питер учится в средней научной школе Мидтауна, где он является одаренным, хотя и ничем не примечательным учеником. Питер проводит свои дни, избегая школьного хулигана Флэша Томпсона и пытаясь привлечь внимание другой одаренной ученицы Гвен Стейси. Однажды Питер натыкается на некоторые работы своего отца и узнает, что до его исчезновения и смерти он работал с ученым доктором Кертом Коннорсом в компании Oscorp в области межвидовой генетики. Питер придумывает план, как пробраться в Оскорп, чтобы узнать больше о работе своего отца. Гвен также работает в "Оскорпе" в качестве стажера в средней школе. Во время работы в "Оскорпе" Питер проникает в лабораторию, где содержится группа генетически модифицированных пауков. Один из пауков садится на Питера и кусает его. Питер сразу же чувствует недомогание и покидает "Оскорп". Однако он узнает, что у него появились различные новые паукообразные способности, такие как сверхсила, скорость, рефлексы и ловкость. Он также приобрел способность чувствовать опасность.