Действие фильма начинается в прошлом. Учёный компании Oscorp Ричард Паркер записал обращение на видео, в котором объясняет свою пропажу. Фильм восстанавливает момент, когда главный герой вместе со своей супругой Мэри оставляют своего маленького сыночка Питера с тетей Мэй и дядей Беном. Они садятся на свой личный самолет, захваченный наемным убийцей. Ричард и Мэри сражаются с ним, но в результате борьбы самолет терпит крушение, в котором погибают все находившиеся на борту. Затем, в наши дни, подросток Питер Паркер продолжает свою двойную жизнь в качестве борца с преступностью Человека-паука и ученика средней школы. Питер опаздывает на свой собственный выпускной из-за того, что пытается помешать Алексею Сыцевичу украсть плутоний. В конце концов, он успевает на церемонию, хотя и пропускает речь Гвен Стейси. Питер нарушил обещание, данное покойному отцу Гвен, капитану Джорджу Стейси, держаться подальше от Гвен, боясь подвергнуть ее опасности со стороны врагов Человека-паука. Питер чувствует вину за это и колеблется, стоит ли продолжать их отношения. В конце концов, Гвен устает от неуверенности Питера и расстается с ним. Вскоре после этого друг детства Питера, Гарри Осборн, возвращается на Манхэттен, чтобы навестить своего смертельно больного отца Нормана, генерального директора компании Oscorp. Норман объясняет, что его болезнь генетическая и что Гарри, скорее всего, тоже будет болен.