В фильме «Алита: Боевой ангел» действие происходит в 2563 году. С тех пор прошло 300 лет с момента гибели Земли от межпланетной войны, известной как «Великая война». Придя к выводу, что в Железном городе доктор Дайсон Ида разыскивает в мусорной куче запасные кибертронные части и находит там останки женщины-киборга. Он осматривает киборга, который по-прежнему жив и имеет неповрежденный человеческий разум. На этот раз он возвращается в лабораторию, где закрепляет киборга на новом теле. Он называет киборга в честь ее погибшей дочери Алиты. По прошествии нескольких дней после того, как Алита проснулась в новом теле и обнаружила себя в нем без памяти, она приходит в себя в новом теле. Она встречается с доктором Идо и его помощницей, медсестрой Герхад, которые познакомили её с новым миром. Алита приступает к исследованию Железного города. Алита встречается с бывшей женой Дайсона, доктором Чирен. Для Моторбола, в котором Дайсон является киборгом, доктор Чирен разрабатывает воинов-киборггов, которые отталкивают Дайсона. В ней также появляется и Хьюго, местный сборщик металлолома, который мечтает покинуть Железный город в плавучем городе Залем. И это неудивительно, ведь Залем – богатый город, который находится на высоте над Железным городом, где еще никто никогда не был.