Сюжет кинофильма продолжает историю Бена Теннисона. После каникул полных веселья, опасности и приключений юный герой возвращается в его ненависное место – школу. Теперь он должен жить скучной школьной жизнью и делать вид будто геройского лета не существовало. Бен не хочет снова становиться обычным десятилетним мальчиком, но, к счастью, в его родном городке появляется новый злодей. Героя-антагониста зовут Эон, и он хочет завладеть рукой Армагедона, чтобы его великая нация смогла устроить вторжение на Землю. Эон – пришелец из другой галактики, который способен руководить временем. Однако, злодей не сможет самостоятельно воплотить свои планы в реальность. Он хочет использовать Бена и его чудодейственные часы Омнитрикса. Мальчик снова из обычного школьника превращается в героя и пытается спасти человечество от полного уничтожения с помощью уникальных часов. В этом ему помогает его кузина Гвен и дедушка Макс, с которыми он провёл самое замечательное лето в его жизни. Гвен – расчетливая и умная девочка, которая тоже заскучала по интересным приключениям вместо с Беном. Удастся ли десятилетнему мальчугану и его верной команде спасти мир от вторжения пришельцев?