Теперь Соник живет в Грин Хиллсе, у него большая свободы в жизни, и он готов действовать. Дом, в котором он поселился, принадлежит Том и Мэдди, и они соглашаются оставить его одного, пока уезжают в отпуск. Несмотря на энтузиазм синего героя, абсолютно никто не нуждается в его помощи, но это ненадолго, ведь злые силы не дремлют и снова начали действовать. В это время доктор Работник находит общий язык с Наклзом, загадочный злодей, мечтающий уничтожить Соника. Двое совсем недоброжелательных героя прилетают на землю. Работник по-прежнему питает чувство неприязни к своему давнему знакомому, пушистому Сонику. Но на этот раз их цели более масштабны, они желают навредить не только личному неприятелю, а всему миру. Накалз знает о существовании сильнейшего в мир оружия, поражающего масштабами разрушения. Так на земле они ищут волшебный, бесценный изумруд, способный уничтожать целые цивилизации. После применения такого оружия, на месте поражения не останется ничего живого. Но Соник со своим другого, лисенком Тейлзом, готов остановить злодеев, они отправляются в дальнее кругосветное путешествие, чтобы отыскать ужасающей разрушительности камень – первыми, и спасти мир.