Когда мы видели Томаса в последний раз, он уворачивался от пауков-киборгов, перехитрил злобных ученых и флиртовал с уродливой девушкой по имени Смерть. Но Лабиринт окончательно распрощался с Томасом и его друзьями, не оставив им даже прощального подарка. А после того, как подростки совершили побег, к ним прилетели солдаты и спасли их от подлых ученых из WCKD. Ух! Но, увы, солдаты оказались сами из WCKD, о чем свидетельствует множество коматозных подростков, запертых в подсобке, из пластиковых трубок которых вытекает голубая жидкость, пока они не умрут. (И нет, я тоже не совсем понимаю, почему у них течет синяя жидкость). Сковорода, встречай огонь. Конечно, у WCKD есть свои причины. Внешний мир переживает лучшие времена, и большая часть человечества подверглась действию так называемой вспышки - болезни, которая превращает людей в безумных, похожих на зомби существ, известных как Кранки. WCKD хочет найти лекарство, и они обнаружили, что чем моложе вы, тем больше вероятность того, что у вас есть иммунитет к Flare, и, следовательно, вакцина может быть заперта в ваших разноцветных тельцах. Разве выживание человеческой расы не стоит того, чтобы превратить нескольких подростков в вяленое мясо? Ну... нет. Особенно если вы, ну, знаете, подросток и все такое. Поэтому Томас собирает несколько старых друзей и пару новых, и они снова сбегают. Только на этот раз нет ни лабиринта, по которому нужно бежать, ни пауков, которых нужно убивать. За пределами придуманного WCKD есть только разрушенная пустошь, наполненная песком, жарой и необъяснимыми грозами... и Крэнки. Много-много-много Кранков. И, конечно, всегда есть WCKD - преследующие, преследуемые, охотящиеся. Томас и его команда, в конце концов, - драгоценные сосуды, возможно, хранящие секрет спасения всего человечества. WCKD не хочет их отпускать.