То, что мы видим вначале, — это снимок прошлого. Мадагаскар 2 рассказывает зрителям о том, как знаменитый лев Алекс был разлучен со своей семьей и попал из африканской саванны в зоопарк Центрального парка. После этого в голове крутится пересказ первого фильма. Когда история снова начинает развиваться, Алекс и его друзья по зоопарку - зебра Марти, бегемот Глория и жираф Мелман - оказываются в том же месте, где они были, когда мы видели их в последний раз - в Мадагаскаре. Но с "помощью" коварных пингвинов они готовятся взлететь на дряхлом авиалайнере и вернуться в свой "настоящий" дом - Нью-Йорк. Но далеко им улететь не удается. После суматошного сигнала Mayday команда зоопарка вместе с новыми друзьями - королем Джулианом, Морисом и Мортом - приземляется на равнинах Африки. По воле случая они оказываются в самом центре заповедника, где обитает львиный прайд, возглавляемый отцом Алекса. Это странное и эмоциональное воссоединение для всей семьи. Алекс не может вспомнить ничего о своей жизни до зоопарка. Папа (которого зовут Зуба) и мама (у которой почему-то нет имени) много лет были уверены, что их сына убили охотники. И вдруг они снова стали семьей. И Алекс не единственный, кто обрел новое чувство общности и принадлежности. Марти экспериментирует с жизнью в стаде с сотнями других зебр. Глория начинает встречаться с симпатичным бегемотом по имени Мото-Мото. А мечта ипохондрика Мелмана сбывается, когда его назначают врачом его нового отряда жирафов.