Названные именами великих художников эпохи Ренессанса черепашки-мутанты после очередного подвига отдыхали в берлоге. День не предвещал беды, но в новостях по телевизору сообщили, что в данный момент таинственные спасатели людей были запечатлены на улицах города. Они остановили новую банду Пурпурные Драконы и спасли горожан. Наставник Сплинтер устраивает допрос учеником, почему они не рассказали о случившемся. Но ребята единогласно затвердили, что не участвовали в стычке с преступниками. Удивленные Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело принимаю решение проведать, кто такие таинственные двойники. Черепашки-ниндзя быстро настигают подражателей. Какое же было удивление, когда они увидели перед собой точные копии самих себя. Вскоре выясняется, что существует альтернативные вселенные, и гости из параллельного мира попали в большую опасность. И тут к братьям приходит осознание: если есть один Шреддер, значит, где-то появилась его версия. Два одинаковых злодея грозят истреблению и порабощению человечества. Покуда учитель разыскивает способ вернуть гостей обратно домой, герои объединятся и станут противостоять злодеям и давнему врагу в квадрате.