Внезапным нападением клан ниндзя Лин Куэй вторгается в конкурирующий клан Ширай Рю и убивает всех, включая жену гроссмейстера Ханзо Хасаси. Когда Хасаси и его сын Сатоси возвращаются из джунглей, они находят свой клан мертвым ночью. Люди Лин Куэй нападают на Хасаси и его сына, но он убивает их всех, как вдруг гроссмейстер Лин Куэй, Суб Зеро, замораживает Хасаси и безжалостно убивает его и его маленького сына. Хасаси просыпается в цепях в глубинах ада под названием Netherrealm. Хасаси был таинственным образом спасен и воскрешен колдуном Куан Чи. Куан Чи хочет, чтобы Хасаси принял участие в турнире Mortal Kombat, организованном Шанг Цунгом, и украл ключ из его храма. Ключ откроет тюрьму, в которой долгое время был заперт хозяин Куан Чи, Шиннок. В обмен на его услугу Куан Чи обещает, что его хозяин обладает силой вернуть убитую семью Хасаси и даже отправить его обратно в царство смертных. Он также заманивает Хасаси, сообщив ему, что на турнире будет присутствовать его соперник Суб-Зеро. Хасаси, сгорая от жажды мести, превращается в Скорпиона и присоединяется к турниру. Защитник царства Земли Лорд Рэйден собрал команду бойцов для борьбы за Землю. Среди них - шаолиньский монах Лю Канг, голливудский актер Джонни Кейдж и агент спецназа Соня Блэйд.