Испания, 1492 год - Рыцари ордена тамплиеров ищут Райское яблоко, в котором, по легенде, содержатся семена, приведшие к первому греху. Тамплиеры хотят завладеть Яблоком, чтобы контролировать свободу воли в жестоком мире. Братство ассасинов было создано для того, чтобы уничтожить тамплиеров. Агилар де Нерха получает задание помешать тамплиерам завладеть Яблоком. Он произносит "Кредо ассасина": "Мы работаем в темноте, чтобы служить свету. Мы - ассасины". Мы переносимся в 20 век, где молодой Каллум Линч пытается проехать на велосипеде по крышам домов. После неудачи он возвращается домой и обнаруживает, что его мать Мэри была убита отцом Кэла Джозефом, который одет как ассасин. Кэл убегает из дома, а его отца преследуют современные тамплиеры. Сейчас на дворе настоящий день. Взрослый Каллум направляется на казнь после того, как его признали виновным в убийстве. Его подключают к креслу для смертельной инъекции. Перед тем как потерять сознание, Кэл переживает странные образы. Очнувшись, Кэл видит доктора Софию Риккин, которая сообщает ему, что он юридически мертв, но доставлен в лечебное учреждение. Кэл выбегает из своей комнаты и натыкается на окно с видом на город в огромном здании. София рассказывает Кэлу, что здание принадлежит компании Abstergo Industries. Кэл нужен им для важного эксперимента.